Para el establecimiento de especies vegetales tropicales y subtropicales (especialmente las arbóreas), las condiciones climáticas de la costa suroriental de Fuerteventura son demasiado secas. El riego constituye por lo tanto condición indispensable para el establecimiento y mantenimiento del Jardín Botánico. Se riega en parte con aguas desalinizadas y depuradas, en parte con agua fresca procedente de una desalinizadora propia.
Además, las condiciones edáficas en la zona también son poco propicias para el establecimiento de una vegetación de cierto desarrollo. Es necesario romper las costras calcáreas y aportar tierra fértil traída de otras partes de Fuerteventura. La superficie del suelo es luego cubierta generalmente con picón (lapilli volcánico) para reducir la evaporación y crear un clima edáfico apropiado para el desarrollo de las plantas.
Las especies autóctonas canarias, especialmente las que pertenecen al tabaibal-cardonal, así como muchas especies de climas áridos en general (cactus, euforbias africanas, aloes, etc.) soportan no obstante relativamente bien las condiciones del suelo y pueden prosperar sin grandes trabajos de mejoría, siempre y cuando tengan humedad suficiente, aportada generalmente mediante riego localizado (goteo).
