Amplia zona de aproximadamente 5 hectáreas dedicada íntegramente a la flora autóctona de Fuerteventura y, en menor medida, a la de otras islas de Canarias. Plantando numerosos individuos de cada una de las especies sobre una superficie considerable se logra reproducir de forma aproximada el ecosistema al que pertenecen. Básicamente, son dos: el cardonal-tabaibal y el bosque termófilo seco. Para cada uno de estos ecosistemas se ha buscado el emplazamiento más idóneo: el cardonal-tabaibal (comunidades de la clase Kleinio-Euphorbietea) ocupa laderas expuestas con fuerte insolación, mientras que el bosque termófilo seco (comunidades de la clase Oleo-Rhamnetalia crenulatae) se ha situado en pequeños barrancos y vaguadas que cruzan la reserva, más sombríos y con mayor humedad.
La zona tiene las condiciones bioclimáticas adecuadas para el establecimiento de tabaibal dulce sin apenas necesidad de riego. El cardonal, algo más necesitado de humedad, prospera con una reducida intervención (riego localizado como ayuda para ejemplares recién plantados o durante situaciones climáticas adversas).
Con el tiempo, se logrará establecer una amplia zona de tabaibal-cardonal, donde dominan las especies principales de este ecosistema ya tan poco representado en Fuerteventura, y menos aún en estado óptimo de conservación. Las especies arbustivas y cactiformes del género Euphorbia, plantas dominantes en estas comunidades, están complementadas en la Reserva con numerosas especies que también pertenecen al ecosistema, pero que debido principalmente a los herbívoros en la isla son extremadamente escasas, tales como guaydil (Convolvulus floridus), cornical (Periploca laevigata), tasaigo (Rubia fruticosa), duraznillo canario (Ceballosia fruticosa), taginaste blanco (Echium famarae), conservilla majorera (Salvia herbanica), col de risco majorera (Crambe sventenii) y Pulicaria canariensis. Todas estas plantas encuentran un refugio en la Reserva de Plantas Autóctonas y Aves Migratorias, por lo que se podrá contribuir de forma notable a su conservación.
El bosque termófilo seco, por su parte, en Fuerteventura está compuesto básicamente por acebuches canarios (Olea cerasiformis), al que se unen en algunos pocos lugares almácigos (Pistacia atlantica) y especies arbustivas como la retama blanca (Retama rhodorhizoides). Pertenece también a esta formación vegetal el escasísimo peralillo de las Canarias orientales, descrito científicamente en el año 2010 y del que quedan únicamente 14 ejemplares silvestres distribuidos de forma aislada por la geografía de Fuerteventura y Lanzarote. En la Reserva de Plantas Autóctonas existen en la actualidad 11 ejemplares de este pequeño arbusto espinoso, estando previsto aumentar el número en cuanto se disponga nuevamente de semillas.
En las cumbres de Jandía se desarrolla además el bosque termófilo húmedo, muy rico en especies, entre las que se encuentran algunas potencialmente arbóreas como el peralillo canario (Maytenus canariensis) y el mocán (Visnea mocanera), y algunos endemismos exclusivos de gran importancia conservacionista. Debido a su particular ecología, en especial la alta humedad edáfica y atmosférica y las temperaturas más bajas, no todas las especies de este ecosistema pueden cultivarse en el área de La Lajita, por lo que no es posible reconstruir este ecosistema de manera fiel. Sin embargo, sí pueden verse en la Reserva de Plantas Autóctonas algunas de las principales especies arbóreas de estas comunidades, como los mencionados mocán y peralillo.
Además, la Reserva cuenta con pequeñas extensiones de vegetación halo-psamófila de los arenales costeros de Fuerteventura. Pueden verse aquí plantas como el chaparro canario (Convolvulus caput-medusae) y la rara Pulicaria burchardii, una planta del litoral sahariano que tiene en Fuerteventura sus únicas poblaciones en Canarias.
Palmerales dispersos de palmera canaria y cañaverales en los fondos de algunos barranquitos hacen que toda la Reserva sea de un especial atractivo paisajístico, a lo que contribuye también la magnífica vista que desde sus laderas altas se tiene sobre gran parte del Jardín Botánico, y las charcas de agua rodeadas de vegetación ribereña. Aves migratorias atraídas por estas manchas de agua y la densa vegetación encuentran aquí un lugar de descanso durante su largo viaje entre sus lugares de cría en Europa y los cuarteles de invernada situados en África.
