En junio de 2011 se firmó un convenio marco de colaboración con el Jardín Botánico Viera y Clavijo, situado en Tafira Alta, Gran Canaria y especializado en plantas endémicas de las islas Canarias.
Asimismo, el Jardín Botánico de Fuerteventura mantiene estrechas relaciones con el Jardín de Aclimatación o Jardín Botánico de La Orotava, en la isla de Tenerife.
