El Jardín Botánico de Fuerteventura es Socio Colaborador de la Asociación Ibero-Macaronésica de Jardines Botánicos.
También es miembro de Botanical Gardens Conservation International, fundada en 1987 en Londres, y a la que actualmente pertenecen jardines botánicos en más de 120 países, siendo la mayor organización de protección de especies vegetales amenazadas del mundo.
