A finales de la década de 1980 se empiezan a plantar los primeros árboles y arbustos en terrenos en los que antes apenas crecían unas pocas palmeras. Unos años más tarde se construye el Jardín de Cactus y Suculentas. En 1998 se termina la primera fase de la Reserva de Plantas Autóctonas y Aves Migratorias, cuya segunda fase se inició en el año 2010 y está previsto que concluya en el 2014.
Durante todo este tiempo, ha sido constante la incorporación de nuevas especies; en realidad, un jardín nunca está terminado del todo, sino que está sujeto a continua evolución. En el caso del Jardín Botánico de Fuerteventura, se dispone de suficiente terreno para acometer ampliaciones y mejoras durante varios años más.
