El área del Jardín Botánico está ocupada principalmente por productos piroclásticos y escorias volcánicas basálticas pertenecientes a la Serie Inferior del primer ciclo volcánico (Serie I) del Mioceno, durante el cual se erigieron los grandes edificios volcánicos en escudo que conformaron la parte emergida de Fuerteventura. Éstos fueron posteriormente desmantelados por la erosión hídrica, grandes deslizamientos gravitacionales y procesos tectónicos. De hecho, en la zona de La Lajita las rocas basálticas están con frecuencia fuertemente fragmentadas (diaclasas), indicio de violentos movimientos tectónicos en épocas geológicas pasadas. La fuerte fragmentación, con numerosas grietas, favorece la infiltración de agua y también el establecimiento de especies vegetales autóctonas como el cardón y la salvia majorera, especialista ésta última en penetrar con su profundas raíces en grietas de paredones basálticos.
Los suelos del área están muy poco desarrollados, siendo en su mayoría suelos calcimagnésicos poco profundos y muy pedregosos. Generalmente, entre 30 y 50 cm de profundidad ya aflora la roca dura e inalterada. En muchas áreas los suelos presentan también costras calcáreas de variable grosor. En los fondos de barranco están constituidos por acumulación de grava.
