No es del todo cierto que Fuerteventura fue antes de la llegada de los humanos una isla cubierta por bosques, como a veces puede leerse, aunque con toda seguridad hubo más vegetación que la que vemos actualmente en esta isla casi desértica. Dos milenios de ganadería extensiva y siglos de agricultura y obtención de leña para los hogares, la construcción y los cientos de hornos de cal que llegaron a funcionar en la isla han acabado con la mayor parte de su cubierta vegetal.
Aun así, en los valles y barrancos subsisten bellos palmerales de palmeras canarias y palmeras datileras, así como bosquetes de tarajal, los mejor conservados del archipiélago. Hay tabaibales de tabaiba dulce y amarga, dos arbustos autóctonos con savia lechosa irritante, y en las montañas del macizo de Betancuria crecen dispersos acebuches canarios y almácigos. En la zona más elevada de Jandía, bañada buena parte del año por las brumas originadas por el viento alisio, incluso han sobrevivido en paredes rocosas húmedas e inaccesibles pequeños restos de una vegetación similar al Monteverde (laurisilva y fayal-brezal) de las Canarias occidentales. Estos últimos restos tienen un gran valor científico y conservacionista.
La flora vascular está compuesta por unas 730 especies, aproximadamente el 36% de las alrededor de 2000 censadas hasta ahora para el archipiélago canario. Entre ellas hay una docena de plantas endémicas exclusivas de Fuerteventura, destacando el cardón de Jandía, declarado símbolo vegetal de Fuerteventura por el Parlamento de Canarias, el bello taginaste azul de Jandía y la margarita de Winter. La flora criptogámica (briófitos, hongos, líquenes y algas) consta también de varios cientos de especies. Destacan los líquenes, que forman cubiertas multicolores en las rocas de muchos lugares, especialmente los malpaíses.
