Como suele ser el caso en islas oceánicas, la fauna vertebrada está constituida mayoritariamente por aves. En las costas nidifican pardelas, varias especies de petreles y paíños así como la gaviota patiamarilla. En el interior pueden verse el pardillo común, el camachuelo trompetero, el bisbita caminero y la terrera marismeña. Cernícalos, busardos ratoneros y cuervos son comunes, y Fuerteventura es la única isla de Canarias que cuenta todavía con una población viable de alimoche común, llamado aquí “guirre”.
También tienen gran importancia las llamadas “aves esteparias”, propias de espacios áridos llanos y abiertos, entre las que destaca la escasa avutarda hubara. Alcaraván, ganga ortega y corredor sahariano pertenecen igualmente a este grupo de aves.
Pero la joya más grande entre las aves es la tarabila canaria, un pajarillo insectívoro que en todo el mundo únicamente vive en Fuerteventura. Suele ser bastante confiado y está distribuido por casi toda la isla.
El mamífero más llamativo (aparte de las numerosas cabras domésticas que viven en libertad) es la ardilla moruna, introducida hace 40 años de África. Los reptiles están representados por el lagarto de Haría, la salamanquesa de la Canarias orientales (llamada “perenquén”) y el raro eslizón majorero (“lisneja”). Numerosas especies de invertebrados, muchas de ellas endémicas, completan la lista faunística de Fuerteventura. En las costas existe una gran variedad de peces, muchas de ellas, como la “vieja”, muy apreciadas gastronómicamente.