Ungefähr 5 Hektar im obersten Teil des Bot. Gartens sind vollständig der einheimischen Flora von Fuerteventura und anderer Inseln des Archipels gewidmet. Wir wollten uns dabei nicht darauf beschränken, einzelne Exemplare oder kleine Gruppen der verschiedenen Arten zu zeigen, sondern grössere Mengen anpflanzen, wobei versucht wird, die Ökosysteme nachzuempfinden, in denen diese Pflanzen in der Natur gedeihen. Es handelt sich im Wesentlichen um zwei Ökosysteme: Sukkulentenbusch und termophiler Wald. Für jede dieser zwei Lebensgemeinschaften wurden im Bot. Garten die am besten geeigneten Gebiete ausgesucht: der Sukkulentenbusch (Pflanzengesellschaften der Kleinio-Euphorbietea- Klasse) ist auf exponierten Hängen mit starker Sonneneinstrahlung angesiedelt, während für den termophilen Wald (Gesellschaften der Oleo-Rhamnetalia crenulatae-Klasse) kleine Schluchten und Rinnen ausgesucht wurden, die das Schutzgebiet durchziehen und wo etwas schattigere Bedingungen herrschen.
Das Gebiet von La Lajita erlaubt es, manche Varianten des Sukkulentenbuschs fast ohne Bewässerung zu halten: der Balsamwolfsmilch-Gesellschaft, einer dieser Varianten, reichen die natürlichen Gegebenheiten des Gebiets zum Gedeihen aus. Eine andere Variante, die Gesellschaft aus kanarischer Kandelaberwolfsmilch, ist etwas anspruchsvoller.
Mit der Zeit wird es gelingen, eine grössere Zone Sukkulentenbusch aufzubauen. In ihr dominieren die häufigsten Arten (strauchige und kakteenförmige Arten der Gattung Euphorbia) dieser heute auf Fuerteventura nur noch in Resten vorhandenen Pflanzengesellschaft. Sie werden ergänzt durch seltenere Arten, die auch in diese Gesellschaft gehören, wie die kanarische Strauchwinde (Convolvulus floridus), die Hörner-Ranke (Periploca laevigata), der Krapp (Rubia fruticosa), der ostkanarische weisse Natternkopf (Echium famarae), der Strauch Ceballosia fruticosa, der Fuerteventura-Salbei (Salvia herbanica), der Fuerteventura-Meerkohl (Crambe sventenii) und die kanarische Flohblume (Pulicaria canariensis). All diese Arten finden in der Schutzzone ein sicheres Refugium, wodurch wirksam zu ihrem Erhalt beigetragen werden kann.
Der termophile Buschwald besteht auf Fuerteventura hauptsächlich aus kanarischen wilden Ölbäumen (Olea cerasiformis), zu denen sich an wenigen Ortendie Atlantische Pistazie (Pistacia atlantica) und Sträucher wie der weisse Ginster (Retama rhodorhizoides) gesellen. Zu dieser Pflanzengesellschaft gehört auch die sehr seltene Gymnosporia cryptopetala, ein erst im Jahr 2010 wissenschaftlich beschriebener Strauch, von dem es nur 14 wildwachsende Exemplare auf Fuerteventura und Lanzarote gibt. In der Schutzzone für einheimische Pflanzen wachsen zur Zeit 11 Exemplare dieser Art. Es ist vorgesehen, diese Anzahl zu erhöhen, sobald wieder neue Pflanzen aus Samen nachgezogen werden können.
In den höchsten Lagen Jandías gibt es ausserdem Reste von feuchtem Buschwald, der sehr reich an Arten ist, darunter potentiell baumförmig wachsenden wie der Kanaren-Maytenus (Maytenus canariensis) und der Mocan (Visnea mocanera). Daneben kommen einige seltene, exklusive endemische Arten dieses Gebiets vor. Aufgrund seiner speziellen ökologischen Ansprüche als Nebelwald, der in feuchten, kühlen Gebieten gedeiht, kann man nicht alle Arten dieser Pflanzengesellschaft im Gebiet von La Lajita ansiedeln und deshalb dieses Ökosystem nicht treu nachbilden. Die robusteren Arten, wie die genannten Kanaren-Maytenus und Mocan, sind aber im Reservat vertreten.
Das Reservat für einheimische Pflanzen zeigt auch kleinere Flächen der salztoleranten Sandküsten-Vegetation Fuerteventuras. Hier findet man die eigenartige Medusenhauptwinde (Convolvulus caput-medusae) und die seltene Pulicaria burchardii, eine hauptsächlich nordafrikanisch verbreitete Pflanze die auf Fuerteventura ihre einzigen Standorte auf den Kanaren hat.
Zerstreute Palmenhaine und Schilfzonen am Grund kleiner Täler geben dem Schutzgebiet eine besondere landschaftliche Schönheit, wobei auch der weite Ausblick beiträgt, den man von den hochgelegenen Hängen der Schutzzone auf einen grossen Teil der gesamten Anlage des Bot. Gartens hat. Ausserdem sind in das Gebiet mehrere Teiche mit Ufervegetation eingebettet, wo Zugvögel auf ihrem Weg zwischen den Brutgebieten in Europa und den Winterquartieren in Afrika haltmachen können und Schutz und Nahrung finden.
