Die mittlere Jahrestemperatur liegt bei 21º C. Im Winter können gelegentlich für ein paar Tage Temperaturen um die 10º C auftreten, während das Thermometer bei Hitzewellen im Sommer auf über 40º C ansteigen kann.
Die mittleren jährlichen Niederschlagsmengen bei La Lajita betragen rund 100 l/ m2. Dies bedeutet, dass im Bot. Garten bewässert werden muss. Für unsere tropischen und subtropischen Pflanzen sowie für viele einheimische Arten ist die Bewässerung unerlässlich. Kakteen und andere Sukkulenten würden zum grossen Teil ohne sie auskommen, bekommen aber trotzdem Wasser, um ein regelmässiges und schnelleres Wachstum zu gewährleisten.
Da La Lajita an der relativ geschützten Südostküste Fuerteventuras liegt, weht der Passt hier nicht so stark wie in vielen anderen Teilen der Insel. Dies macht das Anpflanzen leichter. Dagegen kann aber La Lajita von Südwest-Stürmen betroffen werden, meist im Winter, die unter Umständen Schäden am Baumbewuchs anrichten können.
Es ist vorgesehen, im Bot. Garten eine Wetterstation aufzubauen, um genauere Daten über das Klima und Wetter des Gebiets zu bekommen.
