Im Gebiet von La Lajita, wo der Bot. Garten liegt, ist das meiste Gestein Basalt. Schichten aus vulkanischer Asche kommen ebenfalls vor. Das ganze Material gehört zum ersten vulkanischen Zyklus Fuerteventuras, bei dem im Miozän 22 bis 10 Millonen Jahre vor unserer Zeit grosse, schildförmige Vulkanbauten errichtet wurden, die den grössten Teil der Insel ausmachten und wesentlich höher waren als heute. Durch Erosion, gigantische Flankenabrutschungen und tektonische Ereignisse wurde dieses ursprüngliche Fuerteventura abgetragen, bis es seine heutige Form mit weiten Ebenen und nur relativ geringen Bergresten hatte. Im Gebiet von La Lajita sind die Felsmassen durch tektonische Ereignisse (Erdbeben, Brüche) in weit zurückliegender Vergangenheit stark zersplittert und zerklüftet. Dies erleichtert das tiefe Eindringen des Wassers und somit auch das Wachstum einheimischer Pflanzen wie der kanarischen Kandelaberwolfsmilch, die mit ihren Wurzeln Spalten und Höhlungen im Gestein folgt und so praktisch im nackten Fels gedeihen kann.
Die Böden sind wenig entwickelt und flach; meist steht schon in weniger als 50 cm Tiefe harter, unverwitterter, aber wie gesagt stark zerklüfteter Fels an. Vielerorts gibt es auch horizontal gelegene Kalkkrusten von unterschiedlicher Dicke. Der Grund der kleinen Täler und Rinnen im Gebiet ist meist von Basaltkies bedeck.
