Der Erhalt gefährdeter Arten ist ebenfalls eine wesentliche Aufgabe der Bot. Gärten. Extrem seltene und gleichzeitig schöne, interessante und repräsentative Arten, wie der Wollemi-Pine, ein vor nicht langer Zeit in Australien entdeckter Nadelbaum, der bis dahin nur fossil bekannt war und von dem man glaubte, er sei seit Jahrmillonen ausgestorben, werden heute weltweit in den meisten Bot. Gärten gezeigt. Im Allgemeinen sollten die Gärten sich aber darauf konzentrieren, die bedrohten Arten ihres eigenen geographischen Gebiets zu pflegen. In diesem Sinn kultiviert der Bot. Garten Fuerteventura ausser einigen gefährdeten Pflanzen der fünf Kontinente auch die zwölf endemischen Arten Fuerteventuras, die nur hier anzutreffen sind. Die meisten davon sind extrem selten und bedroht, wie der Fuerteventura-Meerkohl (Crambe sventenii), der Fuerteventura-Salbei (Salvia herbanica) und die Nogales-Eselsdistel (Onopordon nogalesii). Wir tragen dazu bei, das künftige Generationen so wie wir heute diese einheimischen Arten bewundern können. Der Bot. Garten Fuerteventura verfügt über eine spezielle Erlaubnis der kanarischen Naturschutz-Behörden, diese seltenen Arten zu pflegen, zu vermehren und auszustellen.
