La conservación de plantas amenazadas es una de las misiones principales de los jardines botánicos. Especies muy raras y emblemáticas, como por ejemplo el pino de Wollemi, un auténtico fósil viviente descubierto hace pocos años en Australia, se cultivan ahora en casi todos los botánicos del mundo, pero en general, éstos se concentran en la conservación de las plantas amenazadas de su propio ámbito geográfico. En este sentido, aparte de algunas otras especies amenazadas de los cinco continentes, el Jardín Botánico de Fuerteventura mantiene las doce especies endémicas que se encuentran únicamente en la isla de Fuerteventura, la mayoría amenazadas de extinción, como la col de risco majorera (Crambe sventenii), la conservilla majorera (Salvia herbanica) y el cardo de Nogales (Onopordon nogalesii), contribuyendo a que las generaciones futuras puedan como nosotros admirar estos interesantes endemismos. Cuenta con un permiso del Gobierno de Canarias para mantener en cultivo y reproducir estas especies endémicas protegidas.
