Inviernos suaves con posibilidad de lluvias y veranos cálidos, pero casi siempre refrescados por la brisa del Atlántico, son las características macroclimáticas principales de Fuerteventura. La temperatura media anual a nivel del mar es de unos 21º C, siendo las mínimas absolutas de10º C y las máximas absolutas de alrededor de 43º C. En las montañas del interior, las mínimas absolutas son de aproximadamente 6º C.
Las precipitaciones (lluvia y muy raras veces granizo) caen fundamentalmente de noviembre a marzo; la media anual en el conjunto de la isla es de aproximadamente 140 l/ m2. Hay que remarcar que en ninguna parte de Fuerteventura las precipitaciones medias superan los 250 l/ m2. Por su efecto benéfico son siempre deseadas y bienvenidas por la población, pero apenas constituyen un problema para los visitantes, ya que los cielos están despejados durante más de 300 días al año y raras veces llueve más de un día seguido.
Como en toda Canarias, los veranos y buena parte de la primavera están caracterizados por la presencia casi constante de los vientos alisios del NE, que llegan a ser de considerable intensidad en algunas áreas. En invierno, la dirección del viento es más variable, pudiendo ser del N-NE igual que en verano, del E (vientos saharianos secos con polvo en suspensión que se presentan con cierta regularidad) o del S-SW. Estos últimos vientos están asociados a las borrascas atlánticas que traen las precipitaciones.
Las condiciones generales macroclimáticas son modificadas a escala local, fundamentalmente por la orografía del terreno. Las áreas costeras presentan temperaturas extremas más suaves que el interior de la isla. La costa occidental o de barlovento está más expuesta al viento dominante, que barre también las llanuras del interior, perdiendo fuerza en la vertiente opuesta, es decir, la costa de sotavento, en general algo más abrigada. Algunos valles protegidos de la costa oriental, como el de La Lajita, son cálidos y relativamente poco ventosos y tienen por ello condiciones muy buenas para el establecimiento de cultivos tropicales.
El mar de nubes que se origina por el choque de los alisios contra las montañas de las islas, que hace ascender este aire marítimo fresco y húmedo, provocando a cierta altitud (generalmente entre 750 y 1100 m) la condensación de la humedad que contiene y la consiguiente formación de niebla, es un fenómeno muy característico en verano en las vertientes septentrionales de las islas centrales y occidentales. En algunas localidades, como Puerto de la Cruz en Tenerife o Las Palmas de Gran Canaria, este mar de nubes casi diario recibe el nombre de “panza de burro”. En las Canarias orientales este efecto del alisio también se produce, aunque en áreas geográficas mucho más reducidas, por lo que no es cierto el tópico muchas veces citado de que “el alisio pasa por encima de Lanzarote y Fuerteventura sin tener efecto alguno”. En esta última en concreto, especialmente la parte superior de la cordillera de Jandía, que se eleva bruscamente desde el mar hasta los 800 m de altitud, pero también algunas zonas del macizo de Betancuria y ciertas montañas del norte de la isla (La Muda, Aceitunal), de junio a agosto están regularmente inmersas en la neblina, condición indispensable para la supervivencia, en Jandía, de un tipo de vegetación relacionado con el Monteverde de las Canarias occidentales.
