La temperatura media anual está en torno a 21º C; en invierno pueden alcanzarse ocasionalmente temperaturas mínimas absolutas de 10º C durante algunos días, mientras que durante épocas de calor en verano se pueden llegar a superar los 40º C.
La media anual de precipitaciones en La Lajita es de aproximadamente 100 l/ m2. Ello implica la necesidad de riego en el Jardín Botánico, que es indispensable para las especies arbóreas y arbustivas tropicales y subtropicales, así como la mayoría de las especies de la flora canaria, y una ayuda útil para las plantas de zonas áridas.
Por encontrarse relativamente resguardada, en la costa de sotavento, la zona de Lajita no soporta intensidades tan fuertes de los vientos alisios como otras partes de la isla, por ejemplo el istmo de La Pared. Ello facilita el establecimiento de la vegetación. Sí puede verse afectada en cambio por temporales del SW, generalmente en invierno, que pueden llegar a hacer daños en el arbolado.
Está previsto instalar en el Jardín Botánico una estación meteorológica, con objeto de obtener así datos precisos sobre el clima de la zona.
